Người Anh thoạt tiên lẫn lộn về nguyên nhân làm chìm tàu, suy đoán là do một vụ nổ trên tàu hoặc một cuộc không kích.[45] Sau khi nhận thức rằng một cuộc tấn công bằng tàu ngầm là lời giải thích duy nhất khả thi, các biện pháp được tiến hành để khóa các lối ra vào vũng biển, nhưng U-47 đã thoát ra và đang trên đường quay trở về Đức. BBC thông báo tin tức chìm tàu vào gần trưa ngày 14 tháng 10, và tin tức trên radio được tình báo vô tuyến Đức và bản thân U-47 nghe được. Các thợ lặn được gửi đến xác tàu đắm sáng hôm đó sau vụ nổ đã tìm thấy những mảnh vụn của một quả ngư lôi Đức, xác nhận phương tiện dùng để tấn công.

Ngày 17 tháng 10, Bộ trưởng Hải quân Anh Quốc Winston Churchill chính thức thông báo việc mất chiếc Royal Oak đến Hạ nghị viện, trước tiên thừa nhận rằng cuộc đột kích là "một kỳ tích đáng kể của kỹ năng chuyên nghiệp và dũng cảm", nhưng khẳng định sự mất mát không ảnh hưởng đến cán cân lực lượng giữa các thế lực hải quân.[73] Một Ủy ban Điều tra Bộ Hải quân được triệu tập từ ngày 18 đến ngày 24 tháng 10 để xác định những hoàn cảnh mà cảng Scapa Flow bị xâm nhập. Cùng lúc đó, Hạm đội Nhà được lệnh ở lại các cảng an toàn hơn cho đến khi các vấn đề về an toàn tại đây được giải quyết.[74] Churchill bị buộc phải trả lời những chất vấn của Quốc hội là tại sao Royal Oak có trên tàu quá nhiều thiếu sinh hải quân,[75] mà hầu hết đã bị thiệt mạng. Ông đã bảo vệ cho truyền thống của Hải quân Hoàng gia gửi những thiếu sinh quân tuổi từ 15 đến 17 ra biển; nhưng sau đó việc thực hành này nói chung được chấm dứt không lâu sau vụ thảm họa, và những người dưới 18 tuổi chỉ phục vụ trên những tàu chiến thường trực trong những hoàn cảnh rất ngoại lệ.[65]

Bộ Tuyên truyền Đức quốc xã nhanh chóng lợi dụng sự thành công của cuộc đột kích,[6][76] và những tin tức truyền thanh theo lời tường thuật của Hans Fritzsche trình bày một cảm giác chiến thắng suốt nước Đức.[77] Prien và thủy thủ đoàn của ông về đến Wilhelmshaven lúc 11 giờ 44 phút ngày 17 tháng 10 và lập tức được hoan nghênh như những anh hùng, khi biết được rằng Prien được tặng thưởng Huân chương Chữ thập sắt Hạng nhất, và mỗi người trong thủy thủ đoàn Huân chương Chữ thập sắt Hạng hai.[78] Hitler gửi máy bay riêng của mình đến để đưa toàn bộ thủy thủ đoàn đến Berlin, nơi ông trao thêm cho Prien Huân chương Chữ thập sắt Hiệp sĩ.[79] Phần thưởng này, lần đầu tiên được trao tặng cho một sĩ quan tàu ngầm Đức, sau này trở thành một tưởng thưởng thường lệ dành cho các chỉ huy U-Boat thành công. Dönitz được thưởng công bằng việc thăng hàm từ Đại tá lên Chuẩn Đô đốc và là Đô đốc Tư lệnh hạm đội U-Boat.[78]

Prien được đặt biệt danh "The Bull of Scapa Flow" (Con bò Scapa Flow) và thủy thủ đoàn của ông đã trang trí tháp điều khiển của U-47 bằng một biểu trưng con bò khịt mũi, sau này được lấy làm biểu tượng cho cả Hải đội U-boat 7. Bản thân ông được nhiều lời mời phỏng vấn trên radio và báo chí,[78] và quyển tự truyện của ông được xuất bản một năm sau đó với tựa đề Mein Weg nach Scapa Flow.[i] Được viết thuê bởi một nhà báo Đức, trong những năm sau chiến tranh một số điểm được nêu liên quan đến những sự kiện vào tháng 10 năm 1939 bị đặt nghi vấn rất nhiều.[80][81]

Báo cáo chính thức của Bộ Hải quân Anh Quốc về thảm họa lên án hệ thống phòng thủ tại Scapa Flow, khiển trách Đô đốc chỉ huy Orkney và Shetland, Sir Wilfred French, về tình trạng không chuẩn bị của chúng. French bị đưa về danh sách nghỉ hưu,[82] mặc dù đã lên tiếng cảnh báo vào mùa Hè trước đó về hệ thống phòng thủ chống tàu ngầm kém cỏi của Scapa Flow, và tình nguyện đích thân đưa một con tàu nhỏ hoặc tàu ngầm băng qua các tàu ụ cản để chứng minh quan điểm của mình.[83] Theo lệnh của Churchill, các con đường tiếp cận phía Đông vào Scapa Flow được lấp kín bằng đường nổi bê-tông nối liền Lamb Holm, Glimps Holm, Burray và South Ronaldsay đến Mainland. Được xây dựng chủ yếu bởi tù binh chiến tranh người Ý,[84] Churchill Barriers, như chúng được gọi, cuối cùng cũng hoàn tất vào tháng 9 năm 1944, cho dù chỉ được chính thức khai trương không lâu sau Ngày chiến thắng vào tháng 5 năm 1945.[85] Giờ đây chúng là một phần của hạ tầng kiến trúc vận tải tại Orkney, mang con đường A961 giữa các hòn đảo.

Trong những năm tiếp theo, một tin đồn lan truyền là Prien đã được hướng dẫn vào Scapa Flow bởi Alfred Wehring, một điệp viên Đức sinh sống tại Orkney dưới vỏ bọc một thợ đồng hồ người Thụy Sĩ tên Albert Oertel.[86] Sau cuộc tấn công, Oertel đào thoát trên chiếc tàu ngầm B-06 quay trở về Đức.[87] Bài tường thuật các sự kiện có nguồn gốc từ một bài báo của phóng viên Curt Riess đăng trên số ngày 16 tháng 5 năm 1942 của tạp chí Mỹ Saturday Evening Post rồi sau đó được thêm thắt bởi các tác giả khác.[86][88] Tuy nhiên, các cuộc tìm kiếm sau chiến tranh trong hồ sơ lưu trữ tại Đức lẫn Orkney đều không thể tìm thấy những chứng cứ cho sự hiện hữu của Oertel hay Wehring hoặc một tàu ngầm có tên B-06, và toàn bộ câu chuyện được xem là hư cấu.[89][90]